民航局表示，今日截至10:00，國內線取消62架次、延誤3架次。國際暨兩岸航線取消137架次、延誤18架次。
華航航班取消，CI501/CI502、CI503/CI504桃園往返上海(浦東)，CI583/CI584高雄往返上海(浦東)，CI110、CI128桃園飛往福岡，CI220/CI223松山往返東京(羽田)。
放大機型，CI122/CI123桃園往返沖繩CI156/CI157、CI152/CI153桃園往返大阪，CI130/CI131桃園往返札幌，CI100/CI101、CI104/CI105桃園往返東京(成田)，CI154/CI155桃園往返名古屋，CI160/CI161、CI162/CI163桃園往返首爾(仁川)，CI188/CI189、CI186/CI187桃園往返釜山，CI831/CI832桃園往返曼谷，CI731/CI732桃園往返檳城，CI755桃園飛往新加坡，CI601/CI602、CI903/CI904桃園往返香港，華信AE991/AE992桃園往返廈門。
立榮航空7月12日除往返馬祖航班全天取消，松山、台中航班於上午10點後恢復營運；其他航線航班全天正常營運。為協助疏運旅客，將加開以下航班，B7-9351高雄-澎湖、B7-9372澎湖-松山、B7-9365高雄-金門、B7-9361高雄-金門、B7-9381松山-金門、B7-9382金門-松山。
航港局也公告，受巴威颱風影響，今日共有14航線，計101航次停航：
1.基隆-馬祖：部分停航(開航1航次、停航2航次，基隆往馬祖1航次是否確定將於12日上午11:00公告)。
2.馬祖福澳-福州琅岐：全部停航(4航次)。
3.北竿白沙-福州黃岐：全部停航(4航次) 。
4.金門-石井：全部停航(4航次)。
5.金門-五通：部分停航(上午停航10航次、下午航班(14航次)俟天候狀況再行公告)。6.富岡-綠島：部分停航(開航4航次、停航9航次)。
7.富岡-蘭嶼：全部停航(4航次)。
8.蘭嶼-綠島：全部停航(1航次)。
9.後壁湖-蘭嶼：全部停航(6航次)。
10.高雄-馬公：全部停航(1航次)。
11.布袋-馬公：全部停航(2航次)。
12.台南將軍漁港-澎湖東吉漁港：全部停航(2航次)。
13.東港-小琉球：全部停航(46航次)。
14.鹽埔-小琉球：全部停航(6航次)。
