本屆亞運為了大幅削減開支，決定放棄興建傳統的選手村，轉而以貨櫃屋作為替代住宿設施，此舉引發入住多國代表團的強烈不滿。除了硬體缺失，現場賽事排程與播音管理也接連出錯。在男子曲棍球賽事中，原本應播放韓國國歌卻誤播成北韓國歌；隨後的女子手球賽事中，韓國與香港代表隊的國歌更是完全未被播放。更誇張的是，在男子籃球日韓金牌戰前夕，韓國隊原本預定前往訓練場地的接駁巴士並未如期抵達，被迫取消賽前最後調整，且棒球隊的訓練行程安排同樣出現疏漏。
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面對各種低級失誤層出不窮，各國代表團開始放話抨擊，《印度時報》便引述印度代表團團長亞塔布的嚴厲批評，痛批籌委會營運失誤顯而易見，甚至有放棄職責之嫌。
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由於風波持續擴大，日本體育界內部開始感到不安。奧運項目的相關人士坦言，事前的籌備與規劃過於草率。日本過去憑藉多次成功舉辦大型賽事建立了極佳的國際聲譽，如今這一金字招牌正面臨崩壞。若無法及時修正，恐怕會在未來申辦國際大賽時成為致命傷。各界紛紛期盼籌委會在剩餘賽期能恢復穩定營運，避免讓本屆賽事淪為日本體育史上的老鼠屎。
