鐵道局南部工程分局長史春華說明，台南鐵路地下化第一階段通車，台南車站亮點包含，一、台南車站是唯一新舊融合的車站，未來台南車站會變成古蹟車站，成為整個都市街道的端景，二、台南車站指標系統採用台鐵最新的指標設計，導入四國語言，中、英、日、韓四國語言，三、旅客資訊顯示系統及收票驗票閘門採用最新第四代台鐵設備，可以應付所有的支付，四、整個車站的軌道系統採用國產化達到85%以上，供電系統採用導電軌，可以讓行車穩定、減少效能。
台南新車站啟用後將有三個出入口，原本的東西出入口外，還增加北出入口，提供民眾更便捷的服務，車站商店部分，首創車站及店鋪同步啟用，提供便當販售、便利店、藥妝店等服務，總計12店鋪加上1間台鐵便當舖，兩階段啟用，第一階段為通車首日，有5間店舖加台鐵便當舖，第二階段也就是年底前啟用7間。
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台南地下車站軌道工程採用無道碴軌道Top Down工法，為台鐵系統首例，道岔區並設置無道碴道岔減振抑噪系統，透過道床彈性機制與列車懸吊系統整合，調整軌道系統勁度，控制垂向自然頻率在25Hz以下，以降低軌道系統與列車間的共振效應，提升列車通過道岔時的乘車舒適度。
台南從平地轉移至地下，逃生非常重要，當地下隧道面臨緊急狀況時，隧道通風機房就是重要的安全防線，全地下化隧道共10處通風機房共配置19部隧道通風機、消音器、控制風門及供電設備，平時負責隧道空氣換氣；發生火災或煙霧事件時，則可配合中央監控室啟動緊急通風模式，排除煙霧並維持安全避難氣流，協助確保旅客逃生安全。
鐵道局南部工程分局電務工程隊隊長楊惠閔說明，隧道通風機最主要的功能就是維持隧道空氣品質，火車行經隧道藉由通風豎井的活塞效應做交換氣，當列車延誤在隧道，有害氣體的感測器偵測過高，隧道通風機會強制啟動，進行強制排煙、交換氣，更糟的狀況是隧道發生火警，隧道通風機會加開很多台，達到排除濃煙，確保旅客在15分鐘(900秒)內可以逃到最近的緊急逃生口。
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在行車系統方面，行車控制室配置號誌行車單元、控制盤(CVDU)、列車資訊顯示系統(TID)、電車線送斷電控制開關、全站CCTV，以及行車調度有線、無線電話等設備，調度人員可即時掌握列車位置、軌道及轉轍器狀態，並依運轉情形進行列車調度及相關應變作業。
中央監控室則整合台南地下化隧道及車站的中央監控系統，監控範圍包括隧道通風、電力、門禁、照明、火警、電梯及電扶梯等設備，並透過CCTV掌握車站大廳、月台及地下隧道影像。發生設備異常或緊急狀況時，可依系統設定進行警示及相關設備控制。
除了行車與設備監控，地下車站的通訊也有專屬的「神經中樞」。電訊機房配置鐵路電話交換機、台鐵網路通訊骨幹傳輸、光纖監測及行車調度無線電轉播站(基地台)等設備，維持車站有線、無線通訊及資料傳輸穩定，並透過光纖監測掌握通訊線路運作狀況。
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