1998年實施總額預算制
台灣研究基金會及台北政經學院基金會製作的《創造奇蹟的旅程》紀錄片，在今年二月公開播映，讓社會各界對健保脈絡有全面性和系統性了解，讓各界能深度討論健保永續議題。
健保1995年實施之初採用論量計酬模式，雖簡單直接，卻隱藏巨大風險，使醫療費用如脫韁野馬大幅增加。1998年健保支出成長率暴增近11％，遠遠超過保費收入的增幅。因而催生出總額支付制度，也就是預先對各醫療服務部門，以協商方式訂定年度預算，以涵蓋次一年內所提供醫療服務的費用。
總額支付制度的推動，用5年時間分批實施。1998 年由牙醫率先試水溫，2000 年加入中醫門診總額，2001年再加入西醫基層總額，2002 年加入醫院總額。再細分為 6 個區域，分別為台北區、北區、中區、南區、高屏區及東區。
健保會協商管控醫療費用暴增
健保會每年會針對明年度的各部門總額進行協商，邀集保險付費者委員與各總額部門醫界代表開會討論總額成長率。健保會委員、消基會名譽董事長謝天仁律師受訪時對此機制說明：「付費者的付費能力有限，那總額本身制度就是管控它的醫療費用快速增加。所以你看它這樣的一個結構看起來，其實它是由下往上，然後健保署是依照我們總額協商的結果再做執行，這個老實講是蠻民主的。」
也就是說，過去是各家醫院共同分享健保總額這塊大餅，現在則事先分配每家醫院的預算額度，若超出額度，則健保將調降支付或可能完全不給付，這也就是俗稱的「斷頭制」。如今新制上路，是否真能促進醫學中心落實分級制，促進醫療資源有效分配，或者衍生更多新問題，則有待健保署誠實面對此議題。
醫界大老關心健保永續
醫界是健保運作最重要的基本支柱，健保要永續，必須獲得醫界支持。《知新聞》接受台灣研究基金會及台北政經學院基金會委託拍攝《創造奇蹟的旅程》紀錄片時，訪問多位全台醫界重量級大老，他們都表達對健保永續的關心，雖有諸多困難挑戰迎面而來，但共同信念都是「健保一定要永續、健保也絕對會永續」。
2025年實施個別總額預算制
為了落實分級醫療，健保署今年實施醫院個別總額，並且要求醫學中心門診營收占比不得高於55%，健保署長石崇良先前表示，目的是希望醫學中心加強急重症、住院的照護，會搭配急重症的健保支付標準，醫院門診雖然減少，整體收入並不會因此減少。
石崇良表示，門診佔比沒有調整到55%以下將影響下一年度醫院個別總額成長率，基本保障會減少，評估個別醫院總額成長率會看四個參數，包括就醫成長人次、就醫成長人數、每次就醫花費、疾病組合，門診佔比高的權重就會低，門診低的權重就會高。
外界擔心實施醫院個別總額制之後，恐怕有醫院不願意收急重症病人？石崇良強調，醫院會密切監測，台灣現在醫療利用率偏高，醫院門診就診次數很高，如何利用新科技讓病人照顧有效率，分級醫療讓資源也適當配置，這個才是重點。
但從目前實施結果來看，並未如預期效果發展。
