柯文哲29日出席民眾黨7周年黨慶記者會，針對蔣萬安提出「倒閣」，他受訪時表示，不改理性務實科學的態度，第一、國會過去兩年吵吵鬧鬧，行政方面也看不出大的建樹，也許賴清德自己也很想把卓榮泰換掉，蔣萬安這時提出倒閣，是順便幫賴清德解決問題，「這樣做看起來好像是賴清德的墊腳石，幫助賴清德解決一個本來就想做的事」； 第二，重點不是倒閣，是「倒賴」，總統不換，誰來當行政院長效果都差不多，還有一點，倒閣之後如果後面沒有國會全面改選，只是賴清德換一個人當行政院長，其實是換湯不換藥，重點是倒賴不是倒閣。
柯文哲續指，如果進一步，賴清德說國會全面改選，目前台灣30年民主進程，大概2年一次選舉，一次中央、一次地方，如果立委全面改選，新的立委任期重算，等於除了總統以外，從立委一直到地方九合一選舉全部集合在一起選，將來在台灣的政治運作會產生什麼影響，要先評估，因為總統跟所有選舉分開，一旦倒閣且國會全面改選，牽動的是整個台灣政治運作的問題。
柯文哲直言，蔣萬安講倒閣時，要有很清楚的論述，並提及，自己以前就讀台大醫學院時，教授都說決定開刀前要先想成功、失敗、副作用，台灣在經過大罷免之後，其實社會上很疲憊，選舉就是社會動員，沒有想像的容易，台灣選舉都會牽涉到政黨對立，大罷免才一年後又要選舉，在社會疲憊的狀態下，是不是經得起再次動員式選舉？結論是做什麼事情要考慮成本效益，蔣萬安突然丟出倒閣，到底是要幫賴清德解決問題？還是只是拋一個意見？到底現在是有沒有主張國會全面改選？這有好幾個層面。
「蔣萬安自己要講清楚論述是什麼，到底想幹什麼？」柯文哲認為，這樣才能做更精確的評估，這就是他當醫生的邏輯，診斷清楚才能醫療決策，「蔣萬安突然丟一個倒閣，我不曉得他到底要倒到什麼程度？所以就現有資訊無法評論。」
