依據疾管署監測資料顯示，第36周(9月6日至9月12日)腸病毒門急診就診計10,203人次，較前一周(8,641人次)上升18.1%。近四周實驗室監測顯示社區腸病毒以克沙奇A6型為多，其次為腸病毒D68型及克沙奇A16型。今(2026)年累計7例腸病毒感染併發重症確定病例(含1例死亡)，分別為感染腸病毒D68型5例，克沙奇A4型及克沙奇A16型各1例。
疾管署發言人林明誠預估，腸病毒疫情最快於本周突破流行閾值，正式進入流行期，流行高峰單周就診人次在12,000至14,000人次間波動，最快10月初才有機會疫情反轉下降。
腸病毒傳染力強，易於家庭手足間傳播，疾管署提醒，家有5歲以下嬰幼兒之家庭，應更加注意個人衛生，並時常清潔及消毒幼兒常接觸之物品及玩具，保持活動空間環境通風，以降低嬰幼兒感染腸病毒的機會。
此外，青少年及成人都可能感染腸病毒，只是大多症狀較輕微，與感冒不易區分，最有效的預防方法為正確勤洗手、保持良好的個人衛生，外出返家後務必先更衣，摟抱、餵食嬰幼兒前，應以肥皂正確洗手，並落實環境清消。
另須注意酒精對腸病毒之毒殺效果有限，一般環境消毒可使用濃度500 ppm的消毒水（10公升清水+100毫升市售家庭用漂白水）；如遭病童口鼻分泌物、嘔吐物或排泄物污染之物品或表面，建議使用1,000ppm濃度的含氯漂白水消毒(1公升清水加20毫升漂白水，攪拌均勻後使用)；消毒水擦拭完畢後，需靜待10分鐘再用清水擦拭一次。
疾管署呼籲，5歲以下嬰幼兒為腸病毒重症高危險群，且重症病程發展快速，家中嬰幼兒經醫師診斷感染腸病毒時，如發現有嗜睡、意識不清、活力不佳、手腳無力或麻痺、肌抽躍(無故驚嚇或突然間全身肌肉收縮)、持續嘔吐與呼吸急促或心跳加快等腸病毒重症前兆病徵，請儘速送到大醫院接受治療。
