去年勞動部發生霸凌案，並被質疑前勞動部長許銘春濫用就安基金辦演唱會等爭議，審計部日前認定，就安基金在2020年到2024年間，有7224萬元的支出，和就安基金規定的用途關聯性不高，應該收回。勞動部則說，尊重審計部意見，會爭取編列公務預算歸墊，被批評是讓全民買單。
針對就安基金議題，洪申翰今天接受媒體採訪時回應，勞動部絕對不會包庇，會配合檢調和司法來追究決策者責任。
他也提到，檢調一直在偵辦就安基金相關案件，勞動部完全配合資料調閱、偵辦，如果司法判定有違法營私，或者是有人謀不臧，會依照偵辦的結果追究責任。
洪申翰進一步表示，就安基金案件審計部並未要求剔除相關支出，而是認為屬於公務預算範圍，因此要求還給就安基金，勞動部才會依照審計部判定，爭取公務預算歸墊就安基金，而對決策者的責任追究，就配合檢調、司法。
此外，去年勞動部曾試辦「彈性育嬰假」，讓參與試辦的企業勞工，可以5天或7天來請育嬰留停。洪申翰近期也表態，希望育嬰留停可以更好用，會推動以「日」為單位請育嬰留停。
對於彈性育嬰假的進度，洪申翰表示，會盡快朝以「日」為單位請育嬰留停的方向執行，但有很大挑戰，不過勞動部沒有放棄。
