使用國營航空站助航設備及相關設施收費標準是於1983年5月20日訂定發布，並歷經34次修正施行迄今；為因應我國航空站各項機場建設之龐大經費，並基於使用者付費原則，轉機過境的乘客亦有使用機場設施設備之需求，交通部公告調整轉機過境設施使用費。
現行法規，搭乘民用航空器轉機過境的乘客，除下列各款人員外，每人應繳納轉機過境設施使用費新台幣500元，由航空公司隨機票代收
交通部公告新規，採取二階段漸進式調整我國轉機過境設施使用費收費額度分別為自2026年9月1日起至2028年8月31日止為新台幣750元，及自2028年9月1日起為新台幣1000元。
回顧歷史，轉機過境設施使用費自112年3月起收取每位轉機過境旅客500元轉機費，其中，桃園機場自2023年3月31日起收，是營運44年來首度收取，以增裕營業收入，相關收入由桃園國際機場公司及交通部民用航空局運用，不需再提撥部分經費至觀光發展基金。
交通部表示，2025年桃園機場轉機過境旅客約690萬人次，轉機過境設施使用費收入約17億元；高雄機場約3.4萬人次，收入約850萬元，依2025年度運量估算，第一階段調整後，桃機公司及民航局可分別增加年收入約8.5億元、425萬元。
