關務署表示，有關民眾質疑EZ Way APP蒐集個資等疑慮，經查關貿公司為符合「通關網路經營許可及管理辦法」所定安全性需求之通關網路業者，且為數位發展部所訂「數位經濟相關產業個人資料檔案安全維護管理辦法」第一類非公務機關，該公司已於2024年3月8日依該辦法訂定個人資料檔案安全維護計畫，作為該公司個人資料保護管理機制之指導文件。
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此外，該公司已通過ISO 27001 資安國際認證及ISO 27018個資管理系統標準認證，並自建資安監控中心(SOC)，且通過行政院國家資通安全會報技服中心資安聯防(N-SOC)監控連通測試，符合資訊安全性要求，請民眾放心。
另有關民眾質疑海關未委託關貿公司建置EZ Way APP，為何該公司可逕行開發，關務署重申，民眾與報關業者間委任行為，屬私法關係，而EZ Way APP僅一線上委任工具，協助報關業者與進口人於報關前確認該委任真實，無涉報關業務，由關貿公司配合業者需求自行開發，並非海關委託該公司建置。
關務署最後澄清，7月 29日關務署長彭英偉於立法院財政委員會就委員質詢海關是否編列預算將 EZ Way APP收回公營等議題，表示此一議題牽涉重大政策變更，將審慎評估研議並於3個月內提出檢討報告，並未表示逕行將EZ Way APP收回公營，網紅及媒體所述應屬誤解。
